مطالعه تشکیل نانوپورها در غشاءهای زیستی به کمک شبیه سازی های دینامیک ملکولی coarse-grained و all-atom
thesis
- دانشگاه تربیت معلم - تبریز - دانشکده علوم پایه
- author آرزو رحمن پور اقدم
- adviser فرامرز مهرنژاد
- Number of pages: First 15 pages
- publication year 1390
abstract
چکیده امروزه طراحی داروهای کاربردی جدید بر ضد میکروارگانیسم های مقاوم به داروهای موجود، پدیده ای چالش انگیز در زمینه سلامت عمومی و پیشگیری از بیماری ها می باشد. بدین منظور می توان از عوامل بالقوه ضد میکروبی طبیعی کمک گرفت. در بین این عوامل طبیعی، پپتید های ضد میکروبی شایان توجه می باشند. پپتیدهای ضد میکروبی نقش مهمی در مکانیسم های دفاع ایمنی ذاتی میزبان در اغلب موجودات زنده شامل مهره داران و بی مهره ها و نیز گیاهان را بر عهده دارند. این پپتید های ضد میکروبی دارای پتانسیل فعالیت گسترده در مقابل باکتری ها، قارچ ها، ویروس ها و پارازیت های مختلف می باشند. این پپتید های کوچک کاتیونی از طریق میانکنش با غشا و افزایش نفوذ پذیری غشا عمل می نمایند. پپتید های ضد میکروبی به سبب فعالیت در طیف گسترده و اینکه نسبت به آن ها مقاومت ایجاد نمی شود، به عنوان کلاس جدیدی از آنتی بیوتیک ها مورد توجه قرار گرفته اند. پیسیدین ها پپتید های کاتیونیک ضد میکروبی هستند که برای اولین بار از بافت ششی ماهی خاردار خطخطی جدا شده اند. این پپتید دارای 22 اسیدآمینه بوده و در انتهای آمینی به شدت حفاظت شده و غنی از باقیمانده های هیستیدین و فنیل آلانین می باشد. در بین خانواده پیسیدین ها، پیسیدین 1 دارای بالاترین فعالیت ضد میکروبی است. بررسی اثرات پپتید های ضد میکروبی بر روی غشا و مطالعه چگونگی عملکرد این پپتید ها می تواند اطلاعات ارزشمندی به منظور استفاده از آن ها به عنوان کاندیداهای طبیعی در طراحی آنتی بیوتیک های جدید ارائه دهد. بدین منظور چگونگی پاسخ دو غشای مدل متداول به نام popc و popg در مقابل پپتید ضدمیکروبی پیسیدین 1 بررسی شد. نتایج به دست آمده از بررسی ساختار پپتید تاکید بر اهمیت انعطاف پذیری ساختاری پپتید در مرحله ورود به غشا دارد. همچنین نمودار چگالی برای پپتید از ابتدای حرکت از محیط آبی تا قرارگیری در مرکز غشا محاسبه شد که بیانگر نفوذ بهتر پیسیدین در غشای popc نسبت به popg می باشد. یک میانکنش الکترواستاتیک قوی بین گروه سر باردار لیپید و یون هایی با بار مخالف در نزدیک سطح غشای popg مشاهده شده که مانع از نفوذ پپتید به درون غشا می گردد. علاوه بر این نشان داده شد که دو غشای مدل مورد استفاده در این مطالعه رفتار متفاوتی در مقابل حضور پیسیدین از خود نشان می دهند. از این رو پیشنهاد می شود که ترکیب غشا می تواند عامل مهمی در تعیین توانایی کشندگی داروهای پپتیدهای در از بین بردن گونه های باکتریایی خاص باشد.
similar resources
All Atom and Coarse Grained Dna Simulation Studies
The deoxyribonucleic acid is due to its biological importance, probably the most studied macromolecule. In this paper we focus on the computer simulation studies of DNA. First we present the two most widely used simulation methods; the Monte Carlo and the molecular dynamics method. Some tricks used in these simulations are also mentioned. The review on some applications of all atom and coarse-g...
full textSolvation free energies and partition coefficients with the coarse-grained and hybrid all-atom/coarse-grained MARTINI models
We present the estimation of solvation free energies of small solutes in water, n-octanol and hexane using molecular dynamics simulations with two MARTINI models at different resolutions, viz. the coarse-grained (CG) and the hybrid all-atom/coarse-grained (AA/CG) models. From these estimates, we also calculate the water/hexane and water/octanol partition coefficients. More than 150 small, organ...
full textA Hierarchical Coarse-Grained (All-Atom-to-All-Residue) Computer Simulation Approach: Self-Assembly of Peptides
A hierarchical computational approach (all-atom residue to all-residue peptide) is introduced to study self-organizing structures of peptides as a function of temperature. A simulated residue-residue interaction involving all-atom description, analogous to knowledge-based analysis (with different input), is used as an input to a phenomenological coarse-grained interaction for large scales compu...
full textمطالعه شبیه سازی دینامیک ملکولی و حرکات عملکردی آنزیم لیپازA از گونه باسیلوس سوبتیلیس
آنزیم لیپاز باسیلوس سوبتیلیس یکی از کوچک ترین پروتئین های متعلق به خانواده β/α هیدرولازها می-باشد. این آنزیم بر خلاف همه لیپازها خاصیت فعال سازی سطحی را از خود نشان نمی¬دهد ولی همانند دیگر لیپازها کاربردهای فرآوانی در زمینه¬های صنعتی، دارویی، صنایع غذایی و زیست محیطی دارا می¬باشد. تعدادی گزارش از تولید این لیپاز مهندسی شده ارائه شده که اساس طراحی در آن¬ بصورت جهش¬های تصادفی می¬باشد. لذا مطالعه...
full textشبیه سازی دینامیک ملکولی ذخیره سازی هیدروژن در نانو ذرات FeTi و نانو لوله های کربنی تک لایه (SWNT)
یافتن روشی مناسب برای ذخیره سازی مقدار زیادی گاز هیدروژن و با ایمنی لازم برای استفاده در خودروها و سایر تجهیزات همچنان توجه مراکز پژوهشی انرژی و محیط زیست را به خود جلب نموده است. در این پژوهش با انجام شبیه سازی دینامیک ملکولی (MD) میزان هیدروژن جذب شده در سیستم نانو ذرات FeTi و نانو لوله ها کربنی تک لایه (SWNT) در محدوده دمایی 100-60 کلوین، با محاسبه مقدار جذب هیدروژن (θ)، آنتالپی جذب (q) و ...
full textCombining Coarse-Grained Protein Models with Replica-Exchange All-Atom Molecular Dynamics
We describe a combination of all-atom simulations with CABS, a well-established coarse-grained protein modeling tool, into a single multiscale protocol. The simulation method has been tested on the C-terminal beta hairpin of protein G, a model system of protein folding. After reconstructing atomistic details, conformations derived from the CABS simulation were subjected to replica-exchange mole...
full textMy Resources
document type: thesis
دانشگاه تربیت معلم - تبریز - دانشکده علوم پایه
Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023